Las islas Chafarinas han podido ser difícilmente habitadas después de los tiempos prehistóricos debido a la ausencia absoluta de agua dulce. Desconectadas de las capas freáticas que mueren en la cercana costa de la región de Quebdana, solo podían contar con la aportación hídrica que desde el cielo venía en forma de lluvia. Por eso, la historia de la vida humana en ellas tiene dos momentos bien definidos: el neolítico final a lo largo de la segunda mitad del quinto milenio a.C. y la anexión española a partir de 1848.

El Zafrín está ubicado en la isla del Congreso, cuenta con una extensión de 12 hectáreas. El yacimiento se interpreta como un poblado típico de la costa norteafricana, que sobrevivió seguramente gracias a una dieta de productos del mar, entre ellos peces, patelas y focas monje, como indican los restos de moluscos empotrados en los sedimentos, completada con la ganadería.

Entre todos los restos destaca una cabaña semiperforada en la roca. La planta es circular, de aproximadamente 3 metros de diámetro, y se dispone en torno a un hogar central. Dentro de ella se han descubierto una serie de molinos de mano. Un pequeño murete que hacía de cerramiento, con una abertura de entrada. Unos hoyos encajaban los postes de madera, que sostenían el peso de una cubierta vegetal a modo de estructura independiente del muro. Así mismo dentro de la cabaña se ha encontrado un lugar de almacén o despensa.

También se han hallado los restos de dos hogares, una estructura de combustión (horno) bastante compleja y un agujero excavado, probablemente a modo de basurero. Los hogares consisten en sendos círculos delimitados por piedras pequeñas.

Además de las herramientas, las cerámicas, los adornos y las estructuras, en la Isla del Congreso se han hallado una serie de terrazas muy deterioradas. Estas terrazas, sin embargo, probablemente se hicieron a la vez que un edificio cercano hoy completamente en ruinas. Dentro de las cerámicas se han hallado ollas, grandes recipientes, cuencos, perfiles en forma de S y vasos con los cuellos alargados.

Resulta llamativo que el yacimiento se ocupara durante cinco siglos durante el Neolítico y no existiese ninguna otra población estable subsiguiente. La teoría actual apunta al nivel del mar, entonces en subida constante. El aumento de las aguas reducía las islas y dificultaba su habitabilidad. Finalmente, como consecuencia de la anegación de las depresiones, el mar cubrió y absorbió los cursos de agua dulce y con ello impidió una ocupación constante de la isla.