Situado en la vega del río Henares, aguas arriba de la actual ciudad de Alcalá de Henares, se han exhumado una serie de muros pertenecientes a la cimentación de antiguas construcciones de época romana. En torno al 50 d.C. la ciudad romana de Complutum (Alcalá de Henares) se asienta en el valle para controlar la vía de comunicación entre Emérita Augusta (Mérida) y Caesaraugusta (Zaragoza). En torno a esta ciudad surgen numerosas villas de explotación agropecuaria. Los restos arqueológicos de El Encín formarían parte de una de estas villas (pars rustica)

En esta fase de ocupación la mayor parte de las estructuras documentadas están relacionadas con actividades de tipo industrial destinadas al almacenamiento y tratamiento de materias primas y recursos agropecuarios, como piletas de decantación cerámica, hornos, silos, vertederos, etcétera. En época tardo-antigua (siglos IV – VI d.C.) predomina un modelo de asentamiento rural abierto definido por pequeños núcleos rurales cercanos a los ríos y a las vías de comunicación. Estos núcleos de población se caracterizan por la presencia de cabañas semisubterráneas con paredes y techos realizados con materiales perecederos (vegetales) y con hogares y hornos de tipo familiar. Asociadas a la zona de habitación se localizan estructuras de almacenamiento en forma de silos que formarían parte de la periferia del asentamiento.