Los primeros rastros de asentamientos humanos en el término municipal de Rosas se encuentran en las montañas que rodean el actual núcleo urbano. En el llamado "Cau de las Guilles" se han encontrado restos arqueológicos del paleolítico superior o Magdaleniense, que son los hallazgos más antiguos encontrados en el término municipal. En el paraje conocido como "casa quemada" se encuentran tres dólmenes los denominados, Cruz de Cobertella, Cama de la General y Cabeza del Hombre que datan de unos 3.000 años antes de nuestra era del periodo neolítico. Juntos a ellos hay varios menhires y cistas, todos ellos monumentos funerarios que dan fe de la existencia de un asentamiento humano en el lugar.

En el año 333 a.C. se asientan en San Pedro de Roda una serie de familias procedentes de la ciudad griega de Masalia (Marsella). Posteriormente el asentamiento se mueve a la parte llana del territorio y recibe el nombre de Rodas, cuyos restos se encuentran en el patio de armas de la actual ciudadela. La colonia llegó a tener una gran importancia mercantil. Prueba de ello es la acuñación de monedas que aquí se llevaba a cabo. Estas monedas llevaban por una cara una rosa, y por la inversa la cabeza de la ninfa Arethusa con la leyenda "rodeton".

En el año 216 a.C. llega una expedición militar romana al mando de Cneo Cornelio Escipión Calvo. La expedición estaba compuesta por setenta barcos con 1.800 caballos y 36.000 infantes y estableció un campamento en la zona, cerca del asentamiento heleno. En 195 a.C. desembarcaron en el Ampurdán 25 galeras al mando de Marco Porcio Catón, Catón el Viejo, la cual se enfrenta al ejército de Cartago que obtuvo el apoyo de los habitantes no romanos de lugar. El enfrentamiento se conoce como batalla de Rhode y fue ganada por los romanos quienes con un ejército de 17.500 combatientes causaron, según nos transmite la historia, unas 40.000 bajas al enemigo.

El asentamiento militar romano vino a constituir una importante ciudad comercial llegando a ser una de las cinco poblaciones mayores del distrito ampurdanés. Existía una magnífica plaza con una estatua de un caballero rosense. En esta plaza se situaba el templo de la diosa Minerva. Según un plano de Claudio Ptolomeo, en las montañas se encontraba el templo de Venus. Rosas obtuvo el título de municipio durante la segunda mitad del siglo I d.C., lo cual constituye una señal de su esplendor en aquella época.

Entre los años 650 y 700 de nuestra era, la población abandona el llano y se asienta en una elevación cercana, creando el poblado del Puig Rom, el castrum visigótico. Este asentamiento está fortificado y constituye una de las fortificaciones visigóticas más relevantes. La planta de la trama urbana era ovalada y el poblado estaba protegido por una muralla realizada por grandes bloques de granito con una única puerta de acceso, orientada al sur con sendas torres cuadradas a los lados.

Por un corto periodo de tiempo fue ocupada por los árabes y posteriormente pasó al Reino de Aragón, momento en el que se fundó el Monasterio de Santa María de Rosas ya en el llano, junto al que se crea una trama urbana.