La cueva de los Murciélagos está formado por un sistema de cuevas y galerías situadas en el municipio cordobés de Zuheros, dentro del Parque Natural de las Sierras Subbéticas. A casi 1.000 metros de altitud, ofrece un recorrido de unos dos kilómetros. El nombre lo toma de los murciélagos, de distintas especies, que la habitan (murcielago grande de herradura, murciélago pequeño de herradura, murciélago de oreja partida y murciélago ratonero grande).

Fue explorada por primera vez en 1938, durante la guerra civil española, por parte de oficiales del ejército, a los que se les atribuye el descubrimiento del cadáver humano que se encuentra depositado en el fondo. Sin embargo la primera referencia escrita aparece en el año 1868. Posteriormente la cueva ha sido objeto de varias excavaciones arqueológicas de las que se ha obtenido información valiosa acerca del Paleolítico Medio y del Neolítico.

Gracias a las últimas excavaciones se conocen los hábitos de vida de sus habitantes, los artilugios que utilizaban e incluso qué comían, por los restos de animales y de cereales carbonizados. Del Paleolítico Medio se encontraron en su interior restos de caza y de industria lítica, del tipo musteriense, desarrollada por el hombre de Neandertal que la habitó unos 35.000 años atrás, a finales de dicho periodo. De épocas posteriores se han encontrado hojas de sílex, colgantes, brazaletes, vasijas de barro, etc. También se conserva el cadáver de una mujer en una posición que indica un enterramiento.
Existe, por otro lado, documentación de que fue ocupada por el Homo sapiens, tal y como lo conocemos hoy día, durante el Paleolítico Superior, lo cual es clave para la historia de Andalucía en este periodo, ya que existía un vacío de información referente a esta zona geográfica. El Homo sapiens dejó en su legado, además de útiles de piedra, grabados en las paredes con pinturas de diferentes animales (caballos, ciervos, etc.) y otra figuras que datan de hace unos 18.000 años.

La cueva se dividía en tres zonas: el vestíbulo, donde se habitaba al llegar a él la luz solar y ser de fácil acceso desde el exterior, una zona religiosa o de santuario, en la que se encuentran pinturas rupestres neolíticas y calcolíticas, y una zona de enterramientos al fondo, con la presencia de un esqueleto que no es el único encontrado en esa parte pero sí el que perdura en la actualidad.

La cueva volvió a ser ocupada durante el Imperio romano, a mediados del siglo III y todo el siglo IV, periodo del que también se conservan restos de recipientes y se especula que algunos habitantes del pueblo se refugiasen en medio de una época de conflictos.