La Cueva de la Pastora es la más importante cueva de enterramiento de la provincia de Alicante y probablemente de toda la Comunidad Valenciana tanto por los materiales encontrados como por el número de cadáveres. En la cueva se hallaron restos de más de 75 cadáveres. Es la cueva eneolítica en la que más se han encontrado. Son enterramientos secundarios, es decir, tras la pudrición de la carne, bien por aprovechamiento de espacio o por motivos culturales, los huesos de los inhumados se agrupaban en paquetes con uno o más cráneos. Aparecieron 49 de estos paquetes. Del estudio del sexo de los inhumados se desprende un número similar de mujeres y hombres, si bien destaca la temprana mortandad de la mujer con respecto al hombre ya que con excepción de una anciana todas eran jóvenes o adolescentes, mientras que los hombres mayoritariamente tienen una edad superior a los 40 años. Esta circunstancia puede deberse a la mortandad derivada de las complicaciones del parto. Llama también mucho la atención la ausencia de niños entre los inhumados que puede deberse al mal estado de conservación de los huesos de los menores al ser más frágiles o a una cuestión de tipo cultural que implicaría que los niños no habrían tenido aquí una segunda inhumación. Probablemente había inhumaciones de tipo conyugal ya que varios de los paquetes están formados por dos individuos de distinto sexo. Un detalle curioso es el hallazgo de un esqueleto casi completo, lo que ha llevado a pensar que también en la cueva se practicaban las primeras inhumaciones y que la agrupación de los huesos podría corresponder a los restos de individuos previamente depositados en la cavidad optimizando el espacio. Además aparecieron cinco cráneos trepanados, esto es, con incisiones que los atravesaban, la cueva donde en más número se ha documentado esta misteriosa práctica. Cuatro de los individuos sobrevivieron a la operación que se realizaba con útiles de sílex y seguramente con uso de plantas medicinales como analgésicos. A día de hoy se nos escapa el significado de estas prácticas, ya que del estudio óseo no se desprende que los afectados padecieran de alguna enfermedad que justificara la intervención, lo que señala que podrían tener un significado ritual o religioso.

No se acaban aquí las excepcionalidades de esta cueva. Entre los ajuares que se encontraron en los paquetes de huesos se encontraron más de una treintena de ídolos oculados una de las manifestaciones de religiosidad más atrayentes de la Prehistoria. Estos ídolos se hacen sobre huesos largos de animales, sobre todo cápridos, bóvidos y équidos. Se llaman así por representarse en ellos una decoración de ojos radiados. También se hallaron varios ídolos violín también llamados ídolos placa, hechos sobre fragmentos de hueso de sección plana en los que se realizan una o más entalladuras de manera simétrica, obteniendo una representación esquemática del cuerpo humano. Pero sobre todos ellos destaca por su singularidad un ídolo-colgante de piedra que representa la cintura y piernas de un cuerpo humano y que no tiene similar en la arqueología peninsular. Hay autores que piensan que es una representación de una deidad femenina.